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师资队伍
廖奇
2020-01-16  
 

姓名: 廖奇
职务:

科学技术处副处长

职称: 教授
政治面貌: 中共党员
最高学历学位: 研究生、博士
专业: 生物信息学
所属院系: 博彩导航 公共卫生学院
研究方向:

癌症组学数据挖掘与分析、非编码RNA的功能注释及调节网络分析

电话:

0574-87609131

信箱: [email protected]
个人主页:


个人简介

  2003-2007年中山大学中山医学院本科,2007-2012年中山大学病原生物学博士,师从吴忠道教授,2008年-2011年中科院计算技术研究所学习和研究生物信息学,师从赵屹研究员,2015年8月至2016年8月作为访问学者在哈佛大学丹娜法伯癌症研究中心进修。研究方向为非编码RNAs的生物信息学分析,包括非编码RNAs的鉴定、功能、调节网络分析及与疾病和癌症的关系。迄今为止以第一作者或通讯作者身份在国际著名期刊Nucleic Acids Res、Briefings in bioinformatics、 Bioinformatics等发表通讯作者或第一作者论文30多篇,单篇SCI他引最高354次。主持国家自然科学基金2项、省自然科学基金2项、市重点研发1项、市自然科学基金2项。目前担任中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事,浙江省生物信息学学会副理事长,浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员及精准医学专业委员会副主任委员。2019年入选宁波市领军与拔尖人才第三层次,2021年入选浙江省属高校领军人才培养计划青年优秀人才。


学习和工作经历

2023年/1月-至今,博彩平台推荐-博彩导航 公共卫生学院,教授

2017年/12月-2022/12月,宁波大学医学院预防医学系,副教授

2015年/08月-2016/08月,美国哈佛大学附属丹娜法伯癌症研究中心,访问学者

2012年/07月-2017年/11月,宁波大学医学院预防医学系,讲师


近年发表的主要论文

(1) Yushang Yang#, Yanguo Li#, Haopeng Yu#, Jiahan Cheng, Longqi Chen, Xiaoxi Zeng, Shunmin He, Qi Liao*, Yi Zhao*, Yong Yuan*. Comprehensive Landscape of Resistance Mechanisms for Neoadjuvant Therapy in Esophageal Squamous Cell Carcinoma by single-cell Transcriptomics.Signal Transduction and Targeted Therapy.2023

(2) Hao Rong, Yanguo Li, Shiyun Hu, Liuying Gao, Tianfei Yi, Yangyang Xie, Ping Cai, Jianjiong Li, Xiaoyu Dai, Meng Ye*, Qi Liao*. Prognostic signatures and potential pathogenesis of eRNAs-related genes in colon adenocarcinoma.Mol Carcinog.2022

(3) Yuwei Zhang#, Dechao Bu#, Peipei Huo, Zhihao Wang, Hao Rong, Yanguo Li, Jingjia Liu, Meng Ye, Yang Wu, Zheng Jiang, Qi Liao*, Yi Zhao*, ncFANs v2.0: an integrative platform for functional annotation of non-coding RNAs, Nucleic Acids Research. 2021, 49(W1):W459–W468

(4) Tianfei Yi, Yuwei Zhang, Derry Minyao Ng, Yang Xi, Meng Ye, Lvjun Cen, Jianjiong Li, Xiaoxiang Fan, Yanguo Li, Shiyun Hu, Hao Rong, Yangyang Xie, Guofang Zhao, Leyi Chen, Chen Chen, Shujing Ni , Jiaying Mi, Xiaoyu Dai*, Qi Liao*.Regulatory Network Analysis of Mutated Genes Based on Multi-Omics Data Reveals the Exclusive Features in Tumor Immune Microenvironment Between Left-Sided and Right-Sided Colon Cancer.Front Oncol. 2021 Jun 15;11:685515

(5) Yuwei Zhang, Minglei Yang, Derry Minyao Ng, Maria Haleem, Tianfei Yi, Shiyun Hu, Huangkai Zhu, Guofang Zhao*, Qi Liao*. Multi-Omics data analyses construct tumor microenvironment and identify the immune-related prognosis signatures in human lung adenocarcinoma. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2020 Jul 23;21:860-873.

(6)Yuwei Zhang, Guofang Zhao, Fatma Yislam Hadi Ahmed, Tianfei Yi, Shiyun Hu, Ting Cai*, Qi Liao*In silico method in CRISPR/Cas system: an expedite and powerful booster. Frontiers Oncology. 2020.

(7) Qi Liao#; Linbo Chen#; Ning Zhang; Yang Xi; Shiyun Hu; Minyao Ng Derry; FATMA YISLAM HADI AHMED; Guofang Zhao; Xiaoxiang Fan; Yangyang Xie; Xiaoyu Dai; Yanping Jin; Jiaxin Ge; Changzheng Dong; Xinjun Zhang*; Junming Guo*. Network analysis of KLF5 targets showing the potential oncogenic role of SNHG12 in colorectal cancer. Cancer Cell International.2020. Sep 7;20:439

(8) Yuwei Zhang, Tianfei Yi, Huihui Ji, Guofang Zhao, Yang Xi, Changzheng Dong, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Jinshun Zhao, Qi Liao*. Designing a general method for predicting the regulatory relationships between long noncoding RNAs and protein-coding genes based on multi-omics characteristics. Bioinformatics. 2020 Apr 1;36(7):2025-2032

(9) Yuwei Zhang, Yang Tao, Huihui Ji, Wei Li, Xingli Guo, Derry NG, Maria Haleem, Yang Xi, Changzheng Dong, Jinshun Zhao, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Yangyang Xie, Xiaoyu Dai, Qi Liao*. Genome-wide identification of the essential protein-coding genes and long noncoding RNAs for human pan-cancer. Bioinformatics, 2019 Nov 1;35(21):4344-4349.

(10) Yuwei Zhang, Yang Tao, Yang Li, Jinshun Zhao, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Changzheng Dong, Yangyang Xie, Xiaoyu Dai, Xinjun Zhang, Qi Liao*, The regulatory network analysis of long noncoding RNAs in human colorectal cancer. Funct Integr Genomics, 2018. 18(3): p. 261-275.

(11) Yuwei Zhang, Yang Tao, Qi Liao*, Long noncoding RNA: a crosslink in biological regulatory network. Brief Bioinform, 2018. 19(5): p. 930-945

(12) Linbo Chen, Weijin Wei, Daniel Y. Li, X Wang, Yang Tao, Yuwei Zhang, Changzheng Dong, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Junming Guo, Xinjun Zhang*, Qi Liao*, Regulatory network analysis of LINC00472, a long noncoding RNA downregulated by DNA hypermethylation in colorectal cancer. Clin Genet, 2018. 93(6): p. 1189-1198.

(13) Mo Xiaoyan, Li Tianwen, Xie Yi, Zhu Linwen, Xiao Bingxiu, Liao Qi*, Guo Junming*, Identification and functional annotation of metabolism-associated lncRNAs and their related protein-coding genes in gastric cancer. Mol Genet Genomic Med, 2018. 6(5): p. 728-738.

(14) Qi Liao#, Zhang Y#, Zhu Y, Chen J, Dong C, Tao Y, He A, Liu J* and Wu Z*. Identification of long noncoding RNAs in Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. Exp Parasitol, 2018, 191: 82-87.

(15) C Luo#, Y Tao#, Y Zhang, Y. Zhu, D N Minyao, M Haleem, C Dong, L Zhang, X Zhang, J Zhao and Qi Liao*. Regulatory network analysis of high expressed long non-coding RNA LINC00941 in gastric cancer. Gene, 2018, 662: 103-109.


近年主持/参与的项目

1. 宁波市重点研发计划暨“揭榜挂帅”,基于人工智能技术对多组学数据的整合方法研究及在增强子RNA调控网络分析中的应用,2023Z226 ,2023年/07月/01日-2026年/6月/30日,100万元,主持

2. 国家自然科学基金面上项目,基于全基因组CRISPR筛选数据构建泛癌必需lncRNA的预测模型并以大肠癌为例进行预测和调节网络研究,31970630,2020年/01月/01日-2023年/12月/31日,58万元,主持

3. 宁波市李惠利医疗中心,校企合作平台,XQ2021026,宁波大学-宁波市李惠利医疗中心头颈肿瘤多组学测序数据分析平台,2021-10 至 2024-10,45万元,主持

4. 多源生物信息数据的索引查询及集成可视化插件开发,横向项目,2022-06-21,2024-06-20,中国科学院计算技术研究院,8万元,主持

5. 宁波市自然科学基金,2021J124,左右半结肠癌差异免疫基因的调节网络分析及预后评估,2021-06 至 2024-06,5万元,在研,主持


已获授权的发明专利



著作编写

(1) Qi Liao, Dechao Bu, Liang Sun, Haitao Luo, Yi Zhao*, Identification and Functional Annotation of LncRNAs in Human Disease,Heatlth Informatics Data Analysis(pp.51-60), Springer International Publishing.2017.

(2) 廖奇,预防医学(第三版第十一章,统计表与统计图),东南大学出版社,3000字,2014

(3) 廖奇,董长征,Preventive Medicine, Medical Statistics and Epidemiology (Chapter 9, x2 test),浙江大学出版社,3000字,2014


学术兼职

中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事

中国生物信息学学会(筹)多组学与整合生物学专委会常务委员

浙江省生物信息学学会副理事长

浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员


师资队伍
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廖奇
编辑:发布时间:2020-01-16

姓名: 廖奇
职务:

科学技术处副处长

职称: 教授
政治面貌: 中共党员
最高学历学位: 研究生、博士
专业: 生物信息学
所属院系: 博彩导航 公共卫生学院
研究方向:

癌症组学数据挖掘与分析、非编码RNA的功能注释及调节网络分析

电话:

0574-87609131

信箱: [email protected]
个人主页:


个人简介

  2003-2007年中山大学中山医学院本科,2007-2012年中山大学病原生物学博士,师从吴忠道教授,2008年-2011年中科院计算技术研究所学习和研究生物信息学,师从赵屹研究员,2015年8月至2016年8月作为访问学者在哈佛大学丹娜法伯癌症研究中心进修。研究方向为非编码RNAs的生物信息学分析,包括非编码RNAs的鉴定、功能、调节网络分析及与疾病和癌症的关系。迄今为止以第一作者或通讯作者身份在国际著名期刊Nucleic Acids Res、Briefings in bioinformatics、 Bioinformatics等发表通讯作者或第一作者论文30多篇,单篇SCI他引最高354次。主持国家自然科学基金2项、省自然科学基金2项、市重点研发1项、市自然科学基金2项。目前担任中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事,浙江省生物信息学学会副理事长,浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员及精准医学专业委员会副主任委员。2019年入选宁波市领军与拔尖人才第三层次,2021年入选浙江省属高校领军人才培养计划青年优秀人才。


学习和工作经历

2023年/1月-至今,博彩平台推荐-博彩导航 公共卫生学院,教授

2017年/12月-2022/12月,宁波大学医学院预防医学系,副教授

2015年/08月-2016/08月,美国哈佛大学附属丹娜法伯癌症研究中心,访问学者

2012年/07月-2017年/11月,宁波大学医学院预防医学系,讲师


近年发表的主要论文

(1) Yushang Yang#, Yanguo Li#, Haopeng Yu#, Jiahan Cheng, Longqi Chen, Xiaoxi Zeng, Shunmin He, Qi Liao*, Yi Zhao*, Yong Yuan*. Comprehensive Landscape of Resistance Mechanisms for Neoadjuvant Therapy in Esophageal Squamous Cell Carcinoma by single-cell Transcriptomics.Signal Transduction and Targeted Therapy.2023

(2) Hao Rong, Yanguo Li, Shiyun Hu, Liuying Gao, Tianfei Yi, Yangyang Xie, Ping Cai, Jianjiong Li, Xiaoyu Dai, Meng Ye*, Qi Liao*. Prognostic signatures and potential pathogenesis of eRNAs-related genes in colon adenocarcinoma.Mol Carcinog.2022

(3) Yuwei Zhang#, Dechao Bu#, Peipei Huo, Zhihao Wang, Hao Rong, Yanguo Li, Jingjia Liu, Meng Ye, Yang Wu, Zheng Jiang, Qi Liao*, Yi Zhao*, ncFANs v2.0: an integrative platform for functional annotation of non-coding RNAs, Nucleic Acids Research. 2021, 49(W1):W459–W468

(4) Tianfei Yi, Yuwei Zhang, Derry Minyao Ng, Yang Xi, Meng Ye, Lvjun Cen, Jianjiong Li, Xiaoxiang Fan, Yanguo Li, Shiyun Hu, Hao Rong, Yangyang Xie, Guofang Zhao, Leyi Chen, Chen Chen, Shujing Ni , Jiaying Mi, Xiaoyu Dai*, Qi Liao*.Regulatory Network Analysis of Mutated Genes Based on Multi-Omics Data Reveals the Exclusive Features in Tumor Immune Microenvironment Between Left-Sided and Right-Sided Colon Cancer.Front Oncol. 2021 Jun 15;11:685515

(5) Yuwei Zhang, Minglei Yang, Derry Minyao Ng, Maria Haleem, Tianfei Yi, Shiyun Hu, Huangkai Zhu, Guofang Zhao*, Qi Liao*. Multi-Omics data analyses construct tumor microenvironment and identify the immune-related prognosis signatures in human lung adenocarcinoma. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2020 Jul 23;21:860-873.

(6)Yuwei Zhang, Guofang Zhao, Fatma Yislam Hadi Ahmed, Tianfei Yi, Shiyun Hu, Ting Cai*, Qi Liao*In silico method in CRISPR/Cas system: an expedite and powerful booster. Frontiers Oncology. 2020.

(7) Qi Liao#; Linbo Chen#; Ning Zhang; Yang Xi; Shiyun Hu; Minyao Ng Derry; FATMA YISLAM HADI AHMED; Guofang Zhao; Xiaoxiang Fan; Yangyang Xie; Xiaoyu Dai; Yanping Jin; Jiaxin Ge; Changzheng Dong; Xinjun Zhang*; Junming Guo*. Network analysis of KLF5 targets showing the potential oncogenic role of SNHG12 in colorectal cancer. Cancer Cell International.2020. Sep 7;20:439

(8) Yuwei Zhang, Tianfei Yi, Huihui Ji, Guofang Zhao, Yang Xi, Changzheng Dong, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Jinshun Zhao, Qi Liao*. Designing a general method for predicting the regulatory relationships between long noncoding RNAs and protein-coding genes based on multi-omics characteristics. Bioinformatics. 2020 Apr 1;36(7):2025-2032

(9) Yuwei Zhang, Yang Tao, Huihui Ji, Wei Li, Xingli Guo, Derry NG, Maria Haleem, Yang Xi, Changzheng Dong, Jinshun Zhao, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Yangyang Xie, Xiaoyu Dai, Qi Liao*. Genome-wide identification of the essential protein-coding genes and long noncoding RNAs for human pan-cancer. Bioinformatics, 2019 Nov 1;35(21):4344-4349.

(10) Yuwei Zhang, Yang Tao, Yang Li, Jinshun Zhao, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Changzheng Dong, Yangyang Xie, Xiaoyu Dai, Xinjun Zhang, Qi Liao*, The regulatory network analysis of long noncoding RNAs in human colorectal cancer. Funct Integr Genomics, 2018. 18(3): p. 261-275.

(11) Yuwei Zhang, Yang Tao, Qi Liao*, Long noncoding RNA: a crosslink in biological regulatory network. Brief Bioinform, 2018. 19(5): p. 930-945

(12) Linbo Chen, Weijin Wei, Daniel Y. Li, X Wang, Yang Tao, Yuwei Zhang, Changzheng Dong, Lina Zhang, Xiaohong Zhang, Junming Guo, Xinjun Zhang*, Qi Liao*, Regulatory network analysis of LINC00472, a long noncoding RNA downregulated by DNA hypermethylation in colorectal cancer. Clin Genet, 2018. 93(6): p. 1189-1198.

(13) Mo Xiaoyan, Li Tianwen, Xie Yi, Zhu Linwen, Xiao Bingxiu, Liao Qi*, Guo Junming*, Identification and functional annotation of metabolism-associated lncRNAs and their related protein-coding genes in gastric cancer. Mol Genet Genomic Med, 2018. 6(5): p. 728-738.

(14) Qi Liao#, Zhang Y#, Zhu Y, Chen J, Dong C, Tao Y, He A, Liu J* and Wu Z*. Identification of long noncoding RNAs in Schistosoma mansoni and Schistosoma japonicum. Exp Parasitol, 2018, 191: 82-87.

(15) C Luo#, Y Tao#, Y Zhang, Y. Zhu, D N Minyao, M Haleem, C Dong, L Zhang, X Zhang, J Zhao and Qi Liao*. Regulatory network analysis of high expressed long non-coding RNA LINC00941 in gastric cancer. Gene, 2018, 662: 103-109.


近年主持/参与的项目

1. 宁波市重点研发计划暨“揭榜挂帅”,基于人工智能技术对多组学数据的整合方法研究及在增强子RNA调控网络分析中的应用,2023Z226 ,2023年/07月/01日-2026年/6月/30日,100万元,主持

2. 国家自然科学基金面上项目,基于全基因组CRISPR筛选数据构建泛癌必需lncRNA的预测模型并以大肠癌为例进行预测和调节网络研究,31970630,2020年/01月/01日-2023年/12月/31日,58万元,主持

3. 宁波市李惠利医疗中心,校企合作平台,XQ2021026,宁波大学-宁波市李惠利医疗中心头颈肿瘤多组学测序数据分析平台,2021-10 至 2024-10,45万元,主持

4. 多源生物信息数据的索引查询及集成可视化插件开发,横向项目,2022-06-21,2024-06-20,中国科学院计算技术研究院,8万元,主持

5. 宁波市自然科学基金,2021J124,左右半结肠癌差异免疫基因的调节网络分析及预后评估,2021-06 至 2024-06,5万元,在研,主持


已获授权的发明专利



著作编写

(1) Qi Liao, Dechao Bu, Liang Sun, Haitao Luo, Yi Zhao*, Identification and Functional Annotation of LncRNAs in Human Disease,Heatlth Informatics Data Analysis(pp.51-60), Springer International Publishing.2017.

(2) 廖奇,预防医学(第三版第十一章,统计表与统计图),东南大学出版社,3000字,2014

(3) 廖奇,董长征,Preventive Medicine, Medical Statistics and Epidemiology (Chapter 9, x2 test),浙江大学出版社,3000字,2014


学术兼职

中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事

中国生物信息学学会(筹)多组学与整合生物学专委会常务委员

浙江省生物信息学学会副理事长

浙江省生物信息学学会青年委员会主任委员


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